即便是采用特殊設計的通風柜，也只有有效地使用這些設備，才能達到高效率。關鍵是要遵守正確的操作程序。
每一種型式的實驗室通風柜都有其制造商的指示和程序。然而，一個好的通風柜的例子通常包括如下幾個方面：
如果通風柜里面有大型設備，就把架子放在設備下面，這樣空氣就能從下面流動了。
如果是調試設備或在通風柜內工作，請始終保持通風柜關閉。
把所有容器或設備放在距通風柜表面6英寸以內的地方。
為使性能最大化，請盡可能將實驗室通風柜的窗戶關閉。如有電力中斷，請將排氣扇減至1英寸以下。讓一部分空氣繼續進入通風柜，以產生煙囪效應。
4、尤其注意：
像紙產品，化學擦紙和鋁箔。像這樣的輕材料很容易被吸入排氣管，從而阻礙了空氣流動。
如采用臺式通風柜，則應采用滑動窗擋板。這能保護你，使你的臉遠離工作區。
重點管理與維護。
將適當的維修管理與維修更新相結合，是保證實驗室通風柜高效高效運行的關鍵。
5、應該執行的一些內部和維修程序包括：
不要把包括化學品在內的物品存放在通風柜里。他們不但阻隔了空氣流動，而且干擾了污染控制。奧納威小編建議，工作場所應始終保持至少50%的清潔。將危險化學品存放于經認可的安全柜內。如手術中需要化學藥劑，則在實驗室通風柜內盡量少用。生物安全柜有不同的功能，特別設計用來防止生物材料的暴露。對特殊化學或生物材料來說，正確使用柜體是很重要的。
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